Istiqlal dibuka dengan kapasitas terbatas, yakni 2.000 jamaah. Jumlah ini sangat sedikit jika dibandingkan total kapasitas masjid yang mencapai 250 ribu orang.
Sejumlah simulasi pun telah dilakukan, yakni menetapkan jarak antarjamaah 1,5 meter, menyediakan pencucitangan (hand sanitizer) dan sabun di area umum.
Untuk kegiatan ibadah, Istiqlal hanya membuka untuk shalat lima waktu dan Shalat Tarawih. Ibadah shalat pun hanya dilakukan di lantai utama. Kegiatan lainnya seperti buka puasa dan sahur bersama ditiadakan.